Сергей Пепеляев более 30 лет углубленно занимается вопросами налогообложения компаний и граждан, а также проблемами инвестиционной деятельности, судопроизводства.
Как практик он защищал права и интересы компаний в самых масштабных и значимых судебных спорах в Конституционном Суде РФ, Верховном Суде РФ, арбитражных судах о законности доначислений налогов и платежей, отмене не соответствующих законам актов Правительства РФ, министерств и ведомств, неконституционных положений законов, консультировал по вопросам налогообложения инвестиционной и текущей деятельности и др.
Член Правления Российского союза промышленников и предпринимателей (РСПП).
Согласно международному рейтингу Chambers Europe 2016, Сергей Пепеляев, которого разные источники называют «отцом российского налогового права», является «лидером, формулирующим тенденции развития рынка и играющим активную роль в разработке решений для клиентов».